El claustro cuenta con cuatro tipos distintos de arcos,  construidos en la misma época, agrupados en los ángulos: románicos de medio punto con capiteles vegetales en el NO; arcos apuntados de herradura sobre dobles columnas en el NE; arcos calados entrecruzados y secantes, sin capitel, en el SE; y arcos calados entrecruzados y tangentes, sobre dobles columnas, en el SO. En el lado S, la unión entre los tramos de arcos se realiza mediante un arco doble entrecruzado sin columna. En tres de los los vértices se abren puertas mudéjares apuntadas. En las paredes exteriores del claustro hay una puerta cegada y algunos sepulcros.

En lo que respecta a la primitiva iglesia, sencilla de una sola nave con cabecera de arco de cañón apuntado y ábside de bóveda de horno, sorprenden los dos cimborrios situados a ambos lados de la nave, añadidos posteriores del siglo XIII, que presentan rasgos góticos en sus cupulillas y una ornamentación de capiteles destacada. Mientras que en el cimborrio de cúpula cónica los capiteles representan escenas del evangelio, en el de cúpula semiesférica la decoración es irregular, siendo tres de ellos de tema fantástico, dragones, mientras que la cuarta representa la degollación del Bautista. Actualmente se encuentra en ella la sección medieval y epigráfica del Museo Numantino en exposición permanente.